La bibliothèque du Prytanée offre trois fonds documentaires distincts.
Un fonds historique ancien de 30 000 ouvrages environ, constitué sur quatre siècles de fonctionnement, depuis la bibliothèque des Jésuites jusqu'à la fin du XIXe siècle.
Un fonds local de 2 000 documents concernant l'histoire du Prytanée national militaire, des brutions, et la ville de La Flèche.
Un fonds moderne de 11 000 livres à l'usage des élèves de classes préparatoires aux grandes écoles, des enseignants et du personnel du Prytanée.
